PRISMM a mis au point une méthode de métabolomique ciblée basée sur la détection et la quantification de ribonucléosides modifiés (NUM) comme biomarqueurs.
La méthode développée par PRISMM utilise une séparation à interaction hydrophile (UHPLC-HILIC) idéale pour ces analytes très polaires. L’analyse est réalisée par spectrométrie de masse en tandem. Au total, 22 NUMs peuvent êtres dosés par dilution isotopique (étalons internes marqués).
La méthode peut être appliquée à différents types d’échantillons. Des analyses ont été réalisées sur des échantillons d’huitre (branchies, muscle, …).
Les ribonucléosides modifiés (NM) sont des biomolécules issues du métabolisme de l’ARN. Au cours de leur synthèse, des modifications post-transcriptionnelles sont susceptibles d’intervenir au sein de leur structure chimique. Ces modifications internes ont des localisations précises et des rôles définis, en particulier au niveau des ARN de transfert qui présentent le plus de modifications. Non reconnus par les systèmes de sauvetage ou par les systèmes de dégradations finaux chez les organismes supérieurs, les NM sont excrétés sous forme inchangée dans les urines ; ils sont alors appelés nucléosides urinaires modifiés (NUM). Il a été démontré que leur taux urinaire pouvait varier chez les patients atteints de certains cancers solides et qu’ils pouvaient ainsi devenir un nouveau biomarqueur tumoral de choix aux vues de son caractère non invasif (ref).
D’autre part, certains NM comme la 6-méthyladénosine sont des marqueurs épigénétiques importants impliquées dans des processus biologiques fondamentaux comme le développement embryonnaire (ref).
L. Le Franc, B. Bernay, B. Petton, M. Since, P. Favrel, G. Rivière. A functionally conserved m6A-RNA pathway in the oyster, Crassostrea gigas assumes epitranscriptomic regulation of lophotrochozoan development. FEBS journal. 2021, 288, 1696–1711 (2019 IF = 4.392) DOI: 10.1111/febs.15500